從冥王星附近，地球發現了一枚近代史上最巨大的隕石。擁有近乎行星質量的隕石一旦接近地球，就意味著——對人類來說是面對的就是滅亡。　與隕石帶來的威脅相對抗的是人類國際太陽系開發機構「ISDA」，他們開始進行一項絕密的項目，這個絕密項目被稱為「D項目」，而項目的內容，是根據利用了在小笠原近海被發現了的神秘的生命體龍的生態兵器，直接破壞隕石！

兩年前神品陣與父親乘坐的飛行船在進行月球之旅的時候不慎墬毀，神品雖然奇蹟似的生還，但他的父親卻在事故中罹難，從此之後神品就飽受著來自世間的指責和好奇的目光，某日神品目擊到了連環殺人現場，並在那裡遇到了一個自稱トア的少女，トア隨後即神秘的消失，留在原地發呆的神品被名叫ジークリンデ的女孩帶到了國際宇宙開發機構ISDA，在那裡等待著他的是數年前在深海被發現的神祕生物「龍」的生物兵器，而神品則將成為它的駕駛員，衝擊性的事實、與神秘少女トア命運般的邂遘，神品的命運齒輪開始轉動了起來…( .